Достоверно известен с сер. XVI в., первоначально мужской, в 1667 преобразован в женский. В свое время был местом заточения для сподвижниц царевны Софьи. С XVIII в. известен узорным ткачеством, вышивкой и плетением кружев. Закрыт в 1923, на территории располагались трудовая колония, воинская часть, туристическая база. Реставрация началась в 1970-х, но не была завершена. В 1998 восстановлен как подворье Никольского монастыря. Главный престол собора освящен 15 сент. 2022.

По преданию, Федоровский монастырь был построен на месте битвы московского князя Юрия Даниловича и тверского князя Михаила Ярославовича, которая произошла в 1304 году, в день памяти Феодора Стратилата.