Монастырь основан патриархом Никоном в 1656. Для монастыря в Палестине был заказан кипарисовый Крест по размеру Креста Христова, который доставлен в монастырь в 1657 и установлен в строящемся соборе на месте храмового образа. Компактная монастырская территория сформирована в кон. XVII в., выстроены три каменных храма. Пострадал от пожара в 1855 и был заброшен, возобновлен в 1870. Закрыт в 1921, в годы интервенции территория оккупирована англичанами. С 1924 на территории находится дом отдыха "Кийский". В 1960-1970-х проводились консервационные и реставрационные работы исторических построек. Возрождение монастыря начато в нач. 1990-х, планируется восстановление статуса монастыря.