Монастырь был основан иноком Печерского монастыря преподобным Макарием на луговой стороне Волги у озера Желтые Воды. В XV веке монастырь был разграблен и сожжен татарами, Макарий был взят в плен. Возобновлена обитель была в 1620 г. иноком тетюшского монастыря Авраамием (уроженцем г. Мурома). В XVII в. монастырь сильно пострадал от набега войск Степана Разина. На монастырским землях проводилась крупнейшая в России торговая ярмарка, называемая Макарьевской. После перенесения ярмарки в Нижний Новгород монастырь стал приходить в запустении и был упразднен в 1868 г. Однако, по многочисленным ходатайствам как местного, так и столичного купечества, в 1883 г. монастырь был возобновлен как женский. В советское время (1927) монастырь был закрыт, на его территории располагался детский дом, во время ВОВ - госпиталь, затем зооветеринарный техникум. В 1992 г. обитель была передана епархии, в ней возобновлена монастырская жизнь.

В настоящее время озера Желтые Воды не существует, оно затоплено Волгой.