Монастырь основан в XV в. как мужской преп. Никитой Костромским, учеником Сергия Радонежского. С начала XVII в. здесь ведется большое каменное строительство, преимущественно на средства благотворителей бояр Салтыковых. В период 1814-1847 в обители размещалась Костромская Духовная семинария. После опустошительного пожара (1847) монастырь почти полностью выгорел. Городские власти принимают решение закрыть монастырь. На его месте планировалось строительство Духовной семинарии. В 1850-х начато разрушение монастырских зданий. Разрушена Сретенская церковь, звонница, уничтожен придельный Никольский храм и галереи Богоявленского собора. Однако, в 1863 решено объединить бывший Богоявленский монастырь и находившийся неподалеку женский Анастасиин Крестовоздвиженский и образовать женский Богоявленский-Анастасиин монастырь. Обитель закрыта в 1919, в монастыре расположился рабочий поселок "Безбожник". В 1991 монастырь возвращен епархии и начато возрождение женской обители.

см. сайт