Монастырь основан прп. Даниилом Переславским ок. 1508 на месте городского "убогого дома". Прп. Даниил очень почитался Василием III, стал крестным отцом Ивана Грозного, уже в XVI в. в монастыре началось каменное строительство. В Смутное время монастырь был сильно разрушен, в кон. XVII в. на средства И. П. Барятинского построена большая часть зданий. С 1753 по 1881 в монастыре располагалось духовное училище, переведенное затем в Горицкий монастырь. Закрыт в 1923, занят под складские и жилые помещения. В 1947 был занят лагерем военнопленных, в 1950-х военной частью. В 1995 (1993?) вновь открыт.