Организован на противоположном Гефсиманскому скиту берегу пруда, при строившихся с 1845 кельях и копавшихся с 1847 юродивым Филиппушкой пещерах. Позже прославился чудотворной иконой и проживавшими в скиту старцами, особенно прп. Варнавой, посещался многочисленными паломниками. Ограда построена в 1894, келейные корпуса 1870-1890-х. Закрыт в 1921, передан детской колонии им. Каляева, позже занят домом-интернатом. Частично возвращен верующим в 1990.

На кладбище скита восстановлены могилы философов К. Н. Леонтьева и В. В. Розанова.

см. сайт

Дата постройки последнего здания: 1886-1893   см. фотографии объектов той же эпохи

Большой пятиглавый краснокирпичный храм, построенный на средства благотворителей в 1886-1893, замечательный образец псевдорусского стиля. Боковые приделы Борисоглебский и Ильинский. Сооружен над пещерами Черниговского скита. Закрыт в 1922, перестроен внутри. Возвращен верующим в 1990, отремонтирован.

В соборе хранилась чудотворная иконы Божией Матери Черниговская-Гефсиманская (прославилась в 1869, в 1930-х утрачена). В настоящее время в соборе хранятся мощи прп. Варнавы Гефсиманского (+1906).