Монастырь начал складываться в 1991, когда его основательница Вера Акимовна Герасимова, устроившая келью на месте будущего монастыря, приняла постриг под именем Варвара. Офицально Варварина пустынь получила статус монастыря 12 апр. 2006. В 2013 по периметру монастыря уложена канавка для прохождения крестного хода. Построены баня, купальня, трапезная для паломников, гостиница. В 500 м к югу построен скит с хозяйственными постройками.