Дата постройки последнего здания: 1568-1570   см. фотографии объектов той же эпохи

Кирпичный шестистолпный пятиглавый собор, образец московского соборного зодчества XVI в. Строился с 1568 по распоряжению царя Ивана Грозного, в целом выстроен в 1568-1570, но в 1571 отделка приостановлена. Предтеченский престол в южной апсиде был освящен в 1587 (упразднен в 1848), главный храм освящен позже, в 1644 в северной апсиде устроен придел Феодора Стратилата (в XIX в. упразднен). Собор неоднократно ремонтировался, но избежал серьезных перестроек, в 1960-х отреставрирован в первоначальных формах. Отдельно стоящая столпообразная колокольня 1654-1659, имевшая шатровое завершение, в 1869-1870 надстроена в стиле эклектики и увенчана луковичной главой. В соборе уцелели росписи 1686-1688 и иконостас кон. 1730-х. Закрыт в 1924, передан в ведение музея. В настоящее открыт для посещения в летнее время, колокольня служит смотровой площадкой. По большим праздникам проводятся богослужения.

В XVII - нач. XX вв. собор служил главным храмом Вологодской епархии и усыпальницей вологодских архиереев. До нач. XXI в. в соборе под спудом хранились мощи св. Антония Вологодского (+1587).

Дата постройки последнего здания: 1772-1776   см. фотографии объектов той же эпохи

Кирпичный двухэтажный храм, овальный в плане, с угловыми круглыми башнями, образующими вместе с главным куполом пятиглавое завершение. Оригинальное по архитектуре здание в стиле барокко. Построен в 1772-1776 как зимний кафедральный собор попечением архиеп. Иосифа (Золотого), западный притвор пристроен в 1824. В нижнем этаже ок. 1805 был освящен престол Киево-Печерских чудотворцев. Закрыт в 1938, передан музею. С 1954 занят областной картинной галереей. В марте 2016 передан Вологодской епархии, освящен 6 дек. 2016. 30 окт. 2022 освящен нижний храм.

В соборе хранились чудотворная явленая иконы Богоматери Всех Скорбящих Радость и чудотворная икона Троицы с зырянской надписью, приписываемая св. Стефану Пермскому.

Дата постройки последнего здания: 1667-1670   см. фотографии объектов той же эпохи

Храм в восточной части трехэтажного кирпичного Симоновского корпуса архиерейского двора. Сооружен в 1667-1670 еп. Симоном, внешне выделен высоким одноглавым (первоначально пятиглавым) четвериком. Был упразднён во 2-й пол. XVIII в., в XIX в. использовался для хранения архива консистории. С 1920-х в ведении музея, в 1970-х частично отреставрирован. В помещении храма размещена музейная экспозиция.

Дата постройки последнего здания: 1687-1692   см. фотографии объектов той же эпохи

Надвратная церковь над Святыми воротами архиерейского двора, выстроенными в нач. 1670-х, сооружена в 1687-1692 при архиеп. Гаврииле (Кичигине). Представляет собой кирпичный одноглавый четверик, купольное завершение здания появилось во 2-й пол. XVIII в. Упразднена в кон. XVIII в., с 1896 помещение храма было занято Епархиальным Древлехранилищем. С 1920-х и по наши дни находится в ведении музея.