Обитель основана на левом берегу Волги напротив древнего монастыря Николы на Жабне монахами, выходцами из кашинского Клобукова монастыря во главе с преп. Макарием. Существенно пострадала в 1610 от литовского разорения, впоследствии восстановлена и обновлена. В 1920-х монастырь закрыт, в 1936-1939 снесены все монастырские постройки, территория попадала в зону предполагаемого затопления в связи со строительством Угличской ГЭС. После наполнения водохранилища часть территории монастыря не ушла под воду и образовала остров, на котором в 2001 построена часовня, стилизованная под монастырскую башню.

В 1521 обретены мощи Макария Калязинского.