Дата постройки последнего здания: 1553   см. фотографии объектов той же эпохи

Кирпичный храм, выстроенный в 1553 повелением Ивана Грозного. Пятиглавое четырёхстолпное трёхапсидное здание на подклете, первоначально имевшее позакомарное покрытие, благодаря пристроенным с юга и запада папертям и приделам обладающее живописной асимметричной композицией. С юго-востока к собору примыкает придел Авраамия Ростовского, выстроенный в виде шатровой церкви, к юго-западному углу пристроен придел Иоанна Богослова, над которым позже (в XVII в.) была надстроена шатровая колокольня. В северной части западной паперти устроен придел Усекновения Предтечи (упразднён после пожара 1730), увенчанный главкой на горке кокошников. Закрыт в 1929, использовался как склад, в целом поддерживался в порядке, но в данном время находится в тяжёлом техническом состоянии. Заперт.

В Авраамиевском приделе собора под спудом покоились мощи прп. Авраамия Ростовского (в 1920-х изъяты, ныне в Спасо-Яковлевском монастыре).

Дата постройки последнего здания: 1650   см. фотографии объектов той же эпохи

Кирпичный тёплый храм на высоком подклете, сооружённый в 1650 при настоятеле Ионе Сысоевиче, будущем митр. Ростовском, к юго-востоку от Богоявленского собора, с которым был связан галереей. Бесстолпный одноапсидный четверик с небольшой трапезной, первоначально имевший двускатное клетское покрытие с главкой. В 1801 перестроен в стиле классицизма, увенчан куполом с главкой. Закрыт в 1929. Использовался как детский сад, санаторий, медвытрезвитель. В настоящее время заперт, в сер. 2000-х восстановлена главка.

В подклете храма был погребён Сысой, отец митр. Ионы Сысоевича.