Основан учеником Варлаама Хутынского преп. Антонием Дымским. Грамота на основание мужского монастыря в честь Антония Великого близ Дымского озера была пожалована князем Александром Невским. В Смутное время (1611) разорён, возобновлён в 1626. В 1692 был приписан к Новгородскому митрополичьему дому. Упразднён в 1764 с обращением собора в приходскую церковь. В 1794 возобновлён как Троицкий Антониев-Дымский монастырь. Закрыт в 1919 - нач. 1920-х. Возобновлён в 1997 как скит Тихвинского монастыря, богослужения проводились в домовой часовне странноприимного дома. Восстанавливается. В 2008 получил статус самостоятельного монастыря.

В 1370 были обретены мощи преп. Антония Дымского, основателя монастыря.