Дата постройки последнего здания: 1794   см. фотографии объектов той же эпохи

Однопрестольная одноглавая церковь построена из бутового и инкерманского камня в стиле классицизма. Крестообразная в плане, с вынесенным портиком на западном фасаде. Служила полковой церковью Балаклавского греческого батальона, после расформирования части обращена в приходскую. Сильно пострадала во время Крымской войны, восстановлена на средства прихожан и освящена в 1875 как Никольская. В советское время закрыта. В 1990 возвращена верующим, проведена реставрация по проекту арх. Ю. Г. Лосицкого, вновь освящена во имя Двенадцати Апостолов. Подворье Инкерманского Климентовского монастыря.

Церковь основана в 1357, предположительно на фундаменте древнего византийского храма, в крепости Чембало (территория нынешней Балаклавы).