По преданию монастырь основан в XIII в. князем Глебом Белоозерским, нашедшем на острове спасение от бури во время плавания по Кубенскому озеру. В XV-XVII вв. использовался для заточения знатных особ. Упразднён в 1774 и вновь возобновлен по указу Павла I в 1801 под именем Белавинской Преображенской пустыни. В 1892 обители было возвращено прежнее название - Спасо-Каменный монастырь. В 1925 закрыт, на территории расположилась колония для несовершеннолетних. Вскоре после пожара она была закрыта и заброшена. В 1990-х начато восстановление монастыря. В 2006 на Каменном острове учреждено архиерейское подворье Спасо-Каменный монастырь, 6 октября 2017 преобразованное в Спасо-Каменный Преображенский мужской монастырь.

В монастыре располагалась первая спасательная станция Российского общества спасения на водах.

 !  нуждается в срочной помощи (подробности)