Дата постройки последнего здания: 1559-1565   см. фотографии объектов той же эпохи

Каменный четырехстолпный пятиглавый собор, построен ростовскими мастерами вместо старого деревянного, пришедшего в ветхость. В 1613 обнесен с трех сторон галереей (не сохр.), с северной стороны возведен Никольский придел (не сохр). После возобновления монастыря, в 1864-1869 к собору пристроен пятиглавый четырехстолпный кирпичный храм в псевдорусском стиле. Старый Богоявленский собор стал алтарной частью нового собора. В новой части устроены приделы Анастасии Римляныни, влкм. Никиты и Сергия Радонежского. После упразднения монастыря (1919) обращен в приходскую церковь, закрыт в 1925 и передан городскому областному архиву. Возвращен епархии в 1991, в настоящее время кафедральный собор города.

В соборе хранится чудотворная Феодоровская икона Богоматери; под спудом почивают мощи устроителя монастыря Никиты Костромского.