Дата постройки последнего здания: 1683-1686   см. фотографии объектов той же эпохи

Старейший каменный храм Сибири. Кирпичный четырёхстолпный пятиглавый трёхапсидный собор. Сооружён как кафедральный храм попечением митр. Павла в 1683-1686. Купола в духе барокко установлены в 1735. Северный Златоустовский придел построен в сер. XVIII в. вместо прежнего придела Антония и Феодосия Печерских, сооружённого в 1704, западная паперть пристроена в 1851. Отдельно стоящая 75-метровая колокольня в стиле классицизма сооружена в 1794-1797 вместо старой шатровой. Закрыт в 1930, в 1961 передан музею, начата реставрация. С 1988 в совместном пользовании музея и епархии, богослужения возобновлены в 1993.

Долгое время кафедальный собор Сибирской епархии, усыпальница архиереев.

Дата постройки последнего здания: 1743-1746   см. фотографии объектов той же эпохи

Зимняя церковь при Софийском соборе. Сооружена в 1743-1746 при митр. Антонии (Нарожницком) как храм Антония и Феодосия. Расширена в 1850. В 1867 пристроен северный придел, освящённый как Антоние-Феодосиевский, а главный храм переосвящён в Покровский. Кирпичное здание, в плане крестообразное, с декоративным куполом над средокрестием. Закрыт в 1937, в 1945 возвращён верующим и более не закрывался, придел переосвящён во имя Иоанна Тобольского.

В соборе покоятся мощи св. Иоанна, митр. Тобольского (+1715) и сщмч. Гермогена, митр. Тобольского (+1918).

Дата постройки последнего здания: 2007   см. фотографии объектов той же эпохи

Кирпичная одноглавая Сергиевская церковь над Святыми воротами Софийского двора существовала с 1680-х, но была разобрана во 2-й пол. XVIII в., примерно на её месте в 1790-х сооружена соборная ризница. Современный небольшой храм в формах, реконструирующих архитектуру барокко, построен в 2007 на пустом месте между ризницей и соборной колокольней.