С 1605 до кон. 1650-х мужской монастырь существовал вне города, в устье реки Киргизки. В 1663 монастырь перенесли на нынешнее место, на Юрточную гору на окраине Томска. Кирпичная ограда с башнями и кельи выстроены в XIX в. Закрыт в нач. 1920-х, территория занята педагогическим техникумом. Восстановлен в 1999.

Дата постройки последнего здания: 1776-1789   см. фотографии объектов той же эпохи

Кирпичная церковь в духе сибирского барокко, построенная в 1776-1789 при помощи купца Шевырина. Четверик, увенчанный мелким пятиглавием, с двухпридельной трапезной. Колокольня выстроена в 1860. В трапезной помещались Фроло-Лаврский и Алексеевский приделы. Закрыта в 1929, венчания сломаны, использовалась как мастерские, спортзал. Реставрировалась с 1980-х, возвращена верующим в 1992.

В церкви с 1995 покоятся мощи праведного старца Феодора Томского (+1864) ("старца Федора Кузьмича", в котором некоторые современники подозревали ушедшего в монастырь Александра I).