Монастырь основан преп. Кириллом Белым на острове Красном озера Нового (Нов-озера). В XVI-XVII вв. монастырь пользовался особым расположением великих князей и царей московских. Закрыт в 1928, здания монастыря частично разрушены и перестроены, на территории был размещен лагерь для заключенных. С 1994 здесь располагается ИК-5, колония для пожизненных заключенных ("Вологодский пятак").

По преданию Кирилл, искавший уединения инок Корнилиева Комельского монастыря, с берега озера увидел столб огня на острове Красном, где и поставил свою келью.