Основан в 1648 известным ревнителем просвещения боярином Ф. М. Ртищевым, позже учредившим здесь учёное братство. Монастырь достиг процветания, но по смерти основателя (+1673) довольно быстро пришёл в упадок. Окончательно упразднён в 1764, храмы стали приходскими, а монастырские здания использовались для различных общественных нужд. В 1806 во вновь отстроенных жилых корпусах открылась богадельня Московского Купеческого общества. В советский период постройки использовались под жильё, а затем для размещения НИИ. В 1991 создано Патриаршее подворье, проводится ремонт владения. В 2013 восстановлен как ставропигиальный монастырь.

В части помещений бывшей богадельни ныне размещается Синодальная библиотека.