Каменный пятиглавый храм с папертью и колокольней был построена на средства устюжского купца Афанасия Гусельникова вместо старой деревянной Прокопьевской церкви (1495), над гробом Прокопия Устюжского. Первая деревянная церковь над могилой этого местночтимого святого была построена в 1471 и первоначально освящена во имя Бориса и Глеба и Георгия Победоносца. Собор неоднократно перестраивался, в 1867 был пристроен Тихоновский придел.

Прокопий Праведный (Устюжский) - первый на Руси Христа ради юродивый, небесный покровитель Великого Устюга.