Церковь Михаила Архангела при трапезной, у западной стены монастыря

"В 1504-1505 гг. в монастыре по велению Ивана III построена трапезная, во втором этаже которой помещалась одностолпная палата (трехрядный поребрик карниза относится к XVII в.). Восточный фасад трапезной до пристройки к ней в конце XVII в. церкви Архангела Михаила и св. Алексея имел широкую лестницу, которая вела к парадному залу второго этажа. Трехъярусная Архангельская церковь выстроена в 1694-1739 гг. в стиле "московского барокко"[12].

"Церковь построена в 1691-1694 гг. царицей Евдокией Феодоровной"[14].

"В среднем этаже главный престол Архангела Михаила и приделы: Александра Команского "[14] "в трапезе, построенный А. В. Пищалкиным в 1838 г."[1]. "В юго-восточном углу"[8].

"И другой придел - Усекновения главы Иоанна Предтечи - на месте упраздненного престола св. апп. Петра и Павла"[1].

"В западной части Архангельской церкви находилась братская трапеза с приделом Петра и Павла, но впоследствии трапеза перемещена вниз. В 1748 г. эта церковь пострадала от пожара: выгорела Алексеевская в верхнем ярусе и была значительно повреждена Архангельская в среднем. В 1777-1780 гг. были ремонтированы Архангельская церковь, собор монастыря, ограда и др. здания. В 1819 г. при церкви Арх. Михаила сделан придел Усекновения Главы Иоанна Предтечи в том месте, где был придел Петра и Павла. В 1825 г. исправлена Архангельская церковь, а в 1838 г. освящен ее придел. В 1864 г. церковь ремонтирована"[10]. "Вверху престол Алексия митрополита"[14].

"Алексеевская церковь горела в пожар 1748 г., ремонтирована в 1777-1780 гг."[10].

"В нижнем ярусе престол Знамения Божией Матери и усыпальница Лопухиных"[14]. "Нижний придел устроен боярами Лопухиными"[1].

"Храм закрыт в 1924 г."[8]. "В первые два-три года после революции в Алексеевской церкви Андронникова монастыря был пожар"[31].

В 1982 г. внутри здания помещались реставрационные мастерские и музей А. Рублева, хода внутрь посетителям не было. Роспись не сохранилась; впрочем, уже в нач. XX в. указывалось: "Детали древних фасадов церкви Арх. Михаила сохранились, а стенная живопись утрачена"[10].

После разрушения монастырской колокольни церковь Арх. Михаила стала главной вертикалью обители. В 1990 г. идет реставрация всего здания.