Зданий, современных основанию Ипатиева монастыря, не сохранилось. Древнейший по времени сооружения храм в Ипатиевском монастыре есть Троицкий собор с приделами св. апостола Филиппа, священномученика Ипатия и преподобного отца Михаила Малеина. Этот собор построен в 1650-1652 годах, по поведению Царя и Великого Князя Алексея Михайловича и по благословению Патриарха Иосифа, иждивением монастырским, на месте того же имени храма, который в 1649 году 29 января разрушился.

Замечательнейшие из св. икон, находящихся в сем храме, суть следующие: 1) местная икона Живоначальной Троицы, на кипарисной дске, украшенная золотом, серебром и драгоценными камнями, приложенная боярином Дмитрием Ивановичем Годуновым в 1600 году; 2) местная икона Божией Матери Тихвинской, древнего письма, богато украшенная. Эта икона издавна почитается чудотворною и носится как при генеральных крестных ходах в Костроме, так и при священнослужениях в дни храмовых праздников в городских церквах. С некоторого времени (не более 10 лет) благочестивые чтители сей святыни начали усердствовать к прославлению ее и в окрестных селах и деревнях, приглашая сию икону для крестных ходов, учрежденных в воспоминание местных событий; 3) за правым столпом большая икона Живоначальной Троицы на кипарисной дске с драгоценными украшениями, высокой работы, приложенная Дмитрием Иоанновичем Годуновым в 1593 году; 4) у правого клироса хоругвь, шитая золотом и серебром с священными изображениями на обеих сторонах, вклад Царя Алексея Михайловича; 5) на левой стороне богато украшенный образ св. Димитрия Селунского, в житии, вклад (1586 г.) боярина Дмитрия Иоанновича Годунова; 6) пред местным образом Спасителя на аналогии, в сребро-позлащенном ковчеге с многими мощами св. угодников Божьих, хранится часть ризы Господней, которая в 1626 году прислана в сию обитель Царем Михаилом Феодоровичем и святейшим Патриархом Филаретом; 7) за левым столпом замечательна икона Божией Матери так называемая "Воплощение" по своей древности и своему отличному писанию. Вообще, по отзыву знатоков древности, в Троицком соборе древних высокого достоинства икон более, нежели в Московском большом Успенском соборе. 8) При южных дверях храма, в вызолоченной киоте, драгоценный мозаический образ Святителя Николая Мирликийского, работы русского художника Сиверса. Этот образ доставлен в Ипатиевский монастырь 27-го июля 1856 г. особою депутацией от Черниговского дворянства, которое принесло сей драгоценный дар в Ипатиевскую обитель в память благополучно и благотворно исполнившегося 25-летия царствования Императора Николая I.

В приделе преподобного Михаила Малеина находится чудотворная икона сего угодника Божия, прославившегося в двадцатых и тридцатых годах настоящего столетия. К сему приделу присоединяется ризничная палатка, в которой есть несколько замечательных, по древности и по богатству, украшений, напрестольных евангелий, священных сосудов и т.п., также святительских облачений. Здесь же хранятся присланные в 1836 г., по Высочайшему повелению, из Московской Грановитой палаты большой серебряный ковш и деревянный посох Царя Михаила Феодоровича. Под Троицким собором, на южной стороне, в 1768 году устроен придельный храм во имя праведного Лазаря, тщанием Преосвещенного Дамаскина. В 1822 году Преосвященным Самуилом, по исправлении в сем храме ветхостей, он вновь освящен.

 

Ипатиевский монастырь - это настоящий церковно-археологический музей. Он основан в первой половине XIV века. Существующий здесь Троицкий соборный храм представляет точное воспроизведение соборов ХVI-XVII веков: он построен в 1652 г. с крытыми галереями, на подклете, портик храма на кирпичных кувшинообразных колоннах, арки с подвесными гирьками, врата в церковь XVII в.; внутренние двери из железа, обитые латунью, с изображениями на лицевых сторонах в отдельных рамках, сделанными сусальным золотом; все изображения на дверях символические и прямые касаются Божией Матери и явления на землю Бога во плоти: Благовещение, ветхозаветные пророки с изречениями о рождении Мессии, ветхозаветные прообразы, языческие философы и сивиллы с предсказаниями о Пречистой Деве и пришествии царя Мессии. Стенная роспись фресковая: в галерее изображены Страшный Суд и Лествица Иакова: в храме на стенах ветхозаветные и новозаветные события, песнь песней; на столбах отдельные изображения святых и на одном портретные изображения царей Михаила Федоровича и Алексея Михайловича в царских одеждах, со скипетрами в руках и в нимбах. Фресковая стенопись внутри собора исполнена костромскими иконописцами во главе с царским иконописцем первой статьи Гурием Никитиным Кинешемцовым. Имена и отчества их записаны на стенах храма и, кроме того, означено, когда расписана церковь: "лета 7193 и еже по плоти Бога Слова 1685 сентября в день... архипастырствующу же и украшающу престол Российские церкви Пресвятые Богоматери честного ее Успения великому господину святейшему кир Иоакиму патриарху Московскому и всея Руси, уже бо ему кормило церковное управляющи бодростью и кротостью своею в десятице второе лето"...

Надпись, несомненно, искажена. Сентябрьский счет переведен на январский и притом неправильно: сентябрь 7193 г. должен быть переведен 1684 годом; в Словаре царских иконописцев А. И. Успенского значится, что стенопись произведена в 1681 г.; патриарх Иоаким управлял с 26 июля 1674 г.; что же значит выражение "управляющи в десятице второе лето"?

Предалтарный иконостас собора пятиярусный ХVII века, резной, с виноградными ветвями и гроздями; иконы XVI и XVII вв. Местная икона Св. Троицы, пожертвованная в 1593 г. Д. И. Годуновым, при епископе Дамаскине (1758-1769 гг.), переписана на другой доске; сохранились на ней с прежней иконы три золотые медали Карла IX, короля Шведского, пожертвованные царем Михаилом Федоровичем в 1616 г. У правого клироса резное царское место XVII в., паникадило литое пожертвовано в 1659 г. И. И. Щетневым. Замечательна икона Иоанна Предтечи, с крыльями, пожертвованная Д. И. Годуновым.

Под папертью Троицкого собора находится усыпальница бояр Годуновых, здесь же две каменные долбленые колоды: одна для взрослого, другая для младенца, без крышек.

Колокольня, в виде стенообразной звонницы, построена Д. И. Годуновым в.1603 г. В ней нет общего плана, общего покрытия, тяги поясков не сходятся друг с другом.