Это церковь, устраиваемая в одном из помещений корабля, аналог сухопутного домового храма. Вот как описаны такие церкви в книге
Цитович Г. А. Храмы армии и флота. Пятигорск, 1913, паг. 2-я, с. 36.
Цитата:
ЦЕРКВИ НА ВОЕННЫХ СУДАХ.
На всех военных судах церковные вещи и самый иконостас после каждой церковной службы укладываются в широкие и низкие ящики и подвешиваются на железных пластинах к потолку палубы. Церковное Богослужение на судне совершается только по воскресным и праздничным дням; но и в эти дни, если бывает слишком большая качка во время хода судна или производятся авральные работы по случаю прибытия судна в какой-либо порт и постановка его на якорь и пр., не всегда отправляется Богослужение.

В настоящее время один такой храм экспонируется на крейсере "Аврора" в Питере.
Есть еще корабли со специально устроенным постоянным крупным храмом. Ставятся главы, звонница. Очень интересное зрелище! Используются в миссионерских целях. Но такое судно правильнее называть "корабль-церковь".